Cụ thể, về vướng mắc của các cục hải quan tỉnh, thành phố trong việc kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước thực hiện theo Luật Quản lý thuế, tại công văn 5606/TCHQ-TXNK (ngày 24/8/2020), Tổng cục Hải quan hướng dẫn như sau:

Theo quy định tại khoản 1 Điều 77 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14, quy định: cơ quan quản lý thuế thực hiện thanh tra, kiểm tra đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước theo nguyên tắc rủi ro trong quản lý thuế và trong thời hạn 5 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế.

Trình tự, thủ tục kiểm tra đối với trường hợp kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước được quy định tại Điều 110 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14.

Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước theo quy định tại Điều 77, Điều 110 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14.

Cụ thể, việc kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế sẽ được thực hiện trong các trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế; kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước; trường hợp kiểm tra sau thông quan tại trụ sở của người khai hải quan theo quy định của pháp luật về hải quan; trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật; trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề…

Quyết định kiểm tra thuế được gửi cho người nộp thuế trong thời hạn 3 ngày làm việc và thực hiện công bố trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày ký. Trước khi công bố quyết định kiểm tra mà người nộp thuế chứng minh được số tiền thuế đã khai là đúng và nộp đủ số tiền thuế phải nộp thì cơ quan quản lý thuế bãi bỏ quyết định kiểm tra thuế.

Về việc hướng dẫn lập danh mục hồ sơ hoàn thuế đối với hồ sơ cần kiểm tra trong thời hạn 5 năm, Tổng cục Hải quan ghi nhận kiến nghị của Cục Hải quan Tây Ninh để sửa Quyết định số 1919/QĐ-TCHQ ngày 28/6/2018 ban hành quy trình miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế, xử lý tiền thuế nộp thừa đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu./.